der Spieler schlüpft in die Rolle des „Master Chief“, auch als SPARTAN 117 bekannt , der angeblich letzte überlebende der genetisch modifizierten Soldaten des SPARTAN-II-Projekts  und beginnt das Spiel an Bord eines raumschifes mit dem Namen Pillar of Autumn, das von dem legendären Captain Jacob Keyes befehligt wird. Zu Beginn des Spiels flieht das Raumschiff vor feindlichen Mächten der „Allianz“, einem Bündnis verschiedener außerirdischer Spezies, die den größten strategischen Stützpunkt außerhalb der Erde der Menschen (Planet Reach) auslöschten und anschließend die Pillar of Autumn verfolgten. Der Master Chief, bisher in Kältetiefschlaf, wird „aufgetaut“ und damit beauftragt, die künstliche Intelligenz des Schiffes namens Cortana zu evakuieren, um sie dem Zugriff des Feindes zu entziehen.

 

. Nach der Landung auf der künstlichen Ringwelt Halo hilft der Master Chief, die verstreuten Kameraden in Sicherheit zu bringen und macht sich auf die Suche nach dem Captain, der von der Allianz gefangen genommen wurde. Es zeigt sich jedoch später, dass dies nur Vorgeplänkel zu einer größeren Bedrohung waren. Es stellt sich nämlich heraus, dass Halo eine Art Forschungsstation ist, welche der Erforschung der „Flood“ diente. Diese in großen Massen auftretenden parasitären Wesen fallen alle organischen Lebewesen an, um sich entweder von diesen zu ernähren oder um sich ihrer Körper zu bemächtigen.

Über weite Strecken ist es die Aufgabe des Spielers, Angriffen der parasitären Wesen zu entkommen und sich den Kriegern der Allianz zu stellen. Es bietet sich jedoch Hilfe an: Ein „Illuminat“ (343 Guilty Spark) genanntes künstliches Wesen (ein Teil der Sicherheitseinrichtung von Halo) erklärt, eine Heilung für die Flood zu haben. Der Spieler muss dem Illuminaten nun helfen, entsprechende Mechanismen zu aktivieren. Kaum ist diese Aufgabe erledigt, stellt sich heraus, dass die „Heilung“ des Illuminaten darin besteht, der Flood einfach das „Futter“ zu entziehen, sie also auszuhungern. Dies soll bewerkstelligt werden, indem durch die Aktivierung Halos alles biologische Leben im Umkreis von 25.000 Lichtjahren ausgelöscht wird. Dies käme einer Auslöschung der gesamten Menschheit (und aller anderen Lebewesen) gleich. Ab diesem Zeitpunkt ist es also Aufgabe des Spielers, den Plan des Illuminaten zunichte zu machen. Zuletzt muss zur Eindämmung der Flood Halo vernichtet werden.